La recherche d'Organon en immunologie est axée sur le développement de nouvelles thérapies dans les maladies auto-immunes, en particulier l’arthrite rhumatoïde.

Durant les 15 dernières années, de grandes avancées ont vu le jour dans la compréhension des mécanismes liant les interactions entre les cellules et les molécules impliquées dans les défenses immunitaires du corps. Ce processus est déclenché par l'activation de cellules T, qui ont une capacité innée à distinguer les cellules anormales et les agents étrangers comme les virus. Lorsqu'elles sont actives, les cellules T attirent les autres cellules pour détruire les cellules anormales ou les « intrus », protégeant ainsi le corps. Néanmoins, pour des raisons inconnues, ce processus peut connaître des dysfonctionnements, donnant au corps la possibilité d'attaquer ses propres tissus –dans le cas de l’arthrite rhumatoïde, le cartilage d’une articulation affectée.  Explorer ces mécanismes consiste à identifier, à partir des os ou du cartilage, les composants qui déclenchent et soutiennent ce processus.